印度尼西亚海军创建于1945年。现主要包括一个总参谋部、两个作战舰队司令部(分为东部和西部)、一个海上突击队、一个小型空军部队以及军事海上补给司令部。海军突击队有两个战斗步兵团，一个驻扎在雅加达，另一个驻扎在泗水，它们配备有轻型坦克、装甲人员输送车以及反舰炮。

现役潜艇为2艘1981年服役的“卡拉”级潜艇(德国209/1300型潜艇)。向德国订购的209／1400型潜艇，目前正在建造中。2007年，印尼再次透露采购10艘潜艇的计划，其中包括两艘“基洛”级。

印尼水面舰艇目前以护卫舰和轻型护卫舰为主。护卫舰主要有“亚尼”级6艘，“德万塔拉”级1艘，“沙马迪坤”级1艘，在建的“西格玛”级4艘。

轻型护卫舰19艘，其中“卡皮坦·帕提莫拉”级16艘。还有3艘1979年服役的“法塔希拉”级。此外还有11艘扫雷艇以及20多艘巡逻艇。

舰载直升机为6架NBO-105C直升机和3架NAS-332“超级美洲豹”。