马来西亚皇家海军的前身是在1934年4月27日成立于新加坡的海峡殖民地后备志愿军。1952年，马来亚海军被英女皇伊丽莎白二世授予马来亚皇家海军的名号。独立以后，海军部队把基地由新加坡岛迁移至马来亚半岛，并在1963年9月16日改名为马来西亚皇家海军。马来西亚皇家海军现有兵力1.7万人(含海军航空兵)，编有东、西两个海军军区。东部海军军区司令部驻扎在纳闽岛，西部海军军区司令部驻扎在关丹，另外，在宜兰角也建有海军基地。

主战舰艇为护卫舰，共10艘，其中排水量2390吨的“莱吉尔”级2艘，排水量1850吨的“卡斯图里”级2艘，排水量705吨的“海军大将”级4艘，“吉打”级2艘。此外还有51艘巡逻艇、4艘扫雷艇、1艘“新港”级坦克登陆舰。2003年，6架英国生产的“超级山猫”直升机和6架法国“非洲小狐”双引擎海军型ASS-555SN直升机装备部队。

2000年夏，马来西亚从荷兰购买了两艘“旗鱼”级潜艇。2002年，马来西亚同法国DCN公司和西班牙的Lzar公司签署了一项价值约10.8亿美元的合同，计划购进两艘“鲉鱼”级中型潜艇和一艘经过大修的“阿戈斯塔”-70潜艇。为此，马来西亚在其东部沙巴州建立一个海军基地供潜艇舰队使用，并打算选送人员到海外训练获得实践经验。“鲉鱼”级潜艇预计2009年服役。