1990年10月3日，东、西两德二为一，两德的军队也进行了合并。原东德海军共有1.6万人，有19艘护卫舰、5艘小型护卫舰、13艘导弹艇、20艘鱼雷艇、42艘布雷艇、12艘两栖登陆舰艇、15艘辅助勤务船只，有作战飞机25架、武装直升机12架。这些都交给西德海军进行分散组合。

按照新的德国领导人的计划，德海军的发展，在以后的10年中分两步进行，将总数180艘以上的舰艇减半，形成12艘～18艘潜艇、15艘～16艘护航舰、26艘扫雷舰、20艘～26艘导弹艇、10艘补给船和120架飞机的新的舰机作战体系。德海军将向更现代化的方向发展，以新型舰、机更换旧舰机，换装新装备，使数量减少而战斗力提高。